Une longueur d'avance sur les STEC : lutter contre l'enjeu de santé publique que représentent les E. coli producteurs de shigatoxines (STEC)

Les STEC représentent un des quatre groupes reconnus d'E. coli susceptibles de provoquer des symptômes chez l'homme en cas d'infection, généralement par la consommation d'aliments ou d'eau contaminés. Présents naturellement dans les intestins des bovins, les STEC peuvent se transmettre par leurs fèces et peuvent contaminer la viande, le lait et les légumes en cas de non respect de bonnes conditions d'hygiène. Chez les sujets infectés, les STEC peuvent entraîner toute une série de problèmes de santé mais, dans la plupart des cas, les personnes souffrent d'une légère diarrhée. Les infections à STEC peuvent également provoquerune colite hémorragique, grave inflammation du côlon qui se traduit par des crampes abdominales, une diarrhée sanglante et souvent une légère fièvre. Il est important de noter que, si l'infection à STEC est causée par des souches d'E. coli entérohémorragique (EHEC), les effets peuvent être graves. Environ 8 % des patients atteints de STEC développent un syndrome hémolytique et urémique (SHU) qui peut entraîner une insuffisance rénale, des hémorragies et des symptômes neurologiques.¹ Le SHU est la principale cause d'insuffisance rénale aiguë chez les jeunes enfants et son taux de mortalité est compris entre 3 et 5 %.¹

Selon les données de surveillance récentes du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), les cas de STEC dans la région ont augmenté de manière significative au cours des cinq dernières années. Troisième maladie gastro-intestinale d'origine alimentaire et hydrique par fréquence de signalement dans l'Union européenne/l'Espace économique européen,² le nombre de cas de STEC déclarés dans la région en 2023 a augmenté de 22 % par rapport à l'année précédente et a plus que doublé par rapport à 2020.³ Fait préoccupant, les indicateurs de gravité de la maladie dans les cas de STEC suivent également une tendance à la hausse, ce qui suggère que la surveillance des variants bactériens dangereux doit rester une priorité pour les autorités de santé publique qui cherchent à réduire leurs répercussions.⁴

À quoi sont dues ces progressions ? D'importantes flambées de STEC ont été étudiées ces dernières années et, parfois, des centaines de cas ont été recensés à partir de la même source de contamination. En 2024, la UK Health Security Agency (Agence britannique de sécurité sanitaire) a enquêté sur un certain nombre de foyers de STEC, dont le plus important était lié à des feuilles de salade contaminées. Il a été à l'origine de 293 cas, dont 126 ont nécessité des soins hospitaliers, 11 ont développé des complications de SHU et deux sont décédés.⁵ Comme le montre cet exemple, les conséquences d'une flambée de cette ampleur peuvent être considérables, à la fois pour les personnes et pour les systèmes de santé dans leur ensemble. L'augmentation des cas signalés d'infection à STEC peut également être attribuée en partie aux tests de laboratoire plus sensibles qui peuvent désormais détecter des bactéries spécifiques et des gènes des shigatoxines. 

Il n'existe aucun traitement spécifique contre les infections à STEC. Pour réduire l'impact des STEC, il faut faire porter prioritairement les efforts sur la prévention. Pour réduire le risque d'infections et de flambées de STEC, l'ECDC a publié des orientations qui soulignent l'importance des principes fondamentaux suivants pour les autorités de santé publique :

1. Bonnes pratiques d'hygiène dans la production et la manipulation des produits alimentaires, en particulier dans les environnements impliquant des animaux.
2. Préparation correcte des aliments, notamment le lavage et l'épluchage des légumes, la cuisson suffisante de la viande et l'utilisation de produits laitiers pasteurisés.
3. Sensibiliser le public à l'hygiène des mains, en particulier pour les enfants qui fréquentent des fermes pédagogiques et des zoos, afin d'éviter les infections à STEC. Sensibiliser les populations vulnérables à la listériose et aux aliments à risque comme le poisson et les produits carnés prêts à consommer.
4. Continuer à isoler les échantillons de patients positifs à la PCR et à communiquer systématiquement les données relatives à la séquence du génome entier pour la surveillance et la gestion de la santé publique.

Appliquer ces principes de manière plus pratique dans la vie de tous les jours
Sur le plan personnel, les personnes peuvent combattre le risque d'infection non seulement par les STEC mais aussi par de nombreux autres contaminants bactériens en maintenant une bonne hygiène des mains et en se lavant systématiquement les mains avant de préparer les aliments. En fait, des études montrent que le lavage des mains avec un savon antimicrobien peut diviser le risque d'infection à E. coli par 40 en moyenne, par rapport à l'absence totale de lavage des mains.⁶ Les personnes peuvent également se protéger contre les STEC en manipulant et en préparant correctement les aliments, en maintenant les surfaces de travail, les outils de nettoyage et les ustensiles propres et désinfectés, en conservant les aliments à la bonne température, en lavant les fruits et les légumes avant de les consommer, en cuisant toujours longuement les aliments (la viande en particulier) et en séparant les aliments crus des aliments cuits pour éviter les contaminations croisées. 

Étant donné que les STEC peuvent également passer dans la chaîne alimentaire au cours des étapes de production et de fabrication, la prévention des flambées doit rester une préoccupation essentielle pour les entreprises actives dans l'industrie agro-alimentaire. En appliquant les principes décrits ci-dessus, les fabricants de produits alimentaires doivent mettre en œuvre des protocoles d'hygiène stricts pour le personnel et l'environnement de production, tout en garantissant la sécurité de la cuisson et du stockage des ingrédients. Les fabricants de produits alimentaires doivent également garantir que leurs fournisseurs d'ingrédients respectent les mêmes normes de sécurité rigoureuses et qu'ils maintiennent un contrôle environnemental efficace sur des aspects comme l'eau utilisée pour la transformation et l'irrigation.

En cas de contamination au cours de la production alimentaire, il est essentiel qu'elle soit détectée et que la source soit identifiée rapidement afin de limiter les flambées potentielles et d'éviter de nouveaux incidents. La mise en oeuvre de méthodes comme les tests PCR et le séquençage du génome entier permet de vérifier rapidement et précisément les échantillons et d'établir des relations génétiques entre les isolats afin d'identifier précisément l'origine et la portée potentielle de l'épidémie. En maintenant des pratiques rigoureuses et en investissant dans des méthodes de test optimales, les fabricants peuvent démontrer leur engagement en faveur de la protection non seulement de leurs clients mais aussi de leur réputation en tant que gardiens responsables de la chaîne alimentaire.