Lexique des termes scientifiques

ADN

 acronyme de "Acide Désoxyribonucléique". Longue molécule formée d’un enchaînement de nucléotides constitués d’un sucre (désoxyribose), d’un groupe phosphate et d’une base azotée qui peut être soit l’adénine notée A, la guanine notée G, la thymine notée T, la cytosine notée C et qui est le support de l’information génétique.

ARN

 acronyme de "Acide Ribonucléique". Polymère similaire à l’ADN ayant aussi un rôle de vecteur de l’information génétique. Le sucre, est dans le cas de l’ARN, un ribose.

Acide nucléique

 l'acide nucléique est une molécule d’origine naturelle présente dans chaque cellule et ayant la capacité de porter et de transmettre les instructions héréditaires qui sont codées permettant ainsi le développement de l'organisme. Il existe deux types d’acides nucléiques : l'ADN & l'ARN

Amplification

 technique le plus souvent à base d’enzymes, permettant de multiplier les acides nucléiques pour augmenter la sensibilité des méthodes de détection.

Antibiogramme

 analyse permettant de déterminer la sensibilité d’une bactérie aux antibiotiques et de la classer comme sensible, résistante et intermédaire.

Antibiotique

 substance d'origine naturelle ou synthétique, ayant la capacité d’arrêter la multiplication des bactéries.

Anticorps

 molécule produite par le système immunitaire pour détecter et neutraliser les agents pathogènes, en particulier les virus.

Antigènes

 substance étrangère à un organisme et provoquant chez celui-ci la constitution d'un anticorps (réaction immunitaire).

Approche syndromique

 approche médicale basée sur l'analyse d'un syndrome (c'est-à-dire d'un ensemble de symptômes et/ou signes cliniques) pour identifier, dans un seul test, le ou les pathogène(s) à l'origine de ce syndrome, qu'ils soient d'origine virale, bactérienne, fongique ou parasitaire.

Bactérie

 micro-organisme unicellulaire dépourvu de chlorophylle et visible uniquement au microscope. Les bactéries sont des éléments qui n'appartiennent ni au règne végétal, ni au règne animal.

Bactérie commensale

 la peau et les muqueuses sont en permanence colonisées par des bactéries commensales qui n'occasionnent pas de maladie, sauf si le sujet se fragilise.

Bactérie multirésistante

 une bactérie est dite multirésistante aux antibiotiques lorsque, du fait de l'accumulation des résistances naturelles et acquises, elle n’est plus sensible qu'à un petit nombre d'antibiotiques habituellement actifs en thérapeutique.

Bactériophages

virus très spécifiques qui n’infectent que les bactéries. Ils sont utilisés pour la capture sélective de bactéries et pour les isoler à partir d’un échantillon.

Biochimie

 science qui étudie la corrélation entre la structure des molécules naturelles et les conséquences sur leur activité.

Biologie moléculaire

 technique qui permet de détecter une bactérie, un virus, une levure, un parasite ou un biomarqueur par la présence de séquences génétiques d'ADN ou d'ARN dans un échantillon.

Biomarqueur / marqueur

 tout indicateur (acide nucléique, enzyme, métabolite ou autres types de molécules : histamine, hormone, protéine, etc.) présent dans l’organisme ou excrété par lui, comme réponse biologique à un état physiologique ou pathologique. Un biomarqueur est susceptible de permettre d’identifier la présence, l’effet et/ou la mesure de phénomènes particuliers, tels que :    • la détection rapide ou précoce d’une maladie, avant les premiers symptômes, la progression d’une maladie et l’impact d’un médicament, d’un traitement.

Bêta‑lactamase à spectre étendu

 les bêta-lactamases sont une famille d'enzymes responsables de la résistance des bactéries vis-à-vis de certains antibiotiques comme la pénicilline.

Campylobacter

 genre de bactéries Gram négatives pouvant provoquer des intoxications alimentaires.

Candida albicans

 espèce de levure la plus importante et la plus connue du genre Candida. Elle provoque des infections (candidose), essentiellement au niveau des muqueuses digestives et gynécologiques.

Carbapénémases

 enzymes de type b-lactamases hydrolysant les carbapénèmes, une classe d’antibiotiques à spectre d’activité antimicrobienne large, principalement utilisés dans le traitement des infections à bactéries multirésistantes.

Chromogène

 molécule ayant la capacité d’émettre une couleur dans certaines conditions. Incorporée dans un milieu de culture, elle révèle la présence d’une enzyme spécifique d’une bactérie donnée, permettant ainsi l’identification de cette dernière.

Coloration de Gram

technique de coloration qui révèle les propriétés de la paroi bactérienne afin de distinguer et de classifier les bactéries. La distinction principale est entre les bactéries Gram positives et Gram négatives.

Consommable

 accessoire à usage unique, généralement utilisé dans un instrument d’analyse.

Contaminant

 substance qui est présente là où elle ne devrait pas se trouver.

Corynébactérie

 bactérie appartenant à un genre regroupant de nombreuses espèces de bacilles à gram positif, qui constituent une partie importante de la flore de la peau et des muqueuses.

Cytologie

 ou biologie cellulaire, est une discipline de la biologie étudiant les cellules et leurs organites, les processus vitaux qui s'y déroulent ainsi que les mécanismes permettant leur survie (reproduction, métabolisme).

Cytomégalovirus

 virus responsable d'infections passant le plus souvent inaperçues. Son caractère pathogène survient surtout chez des patients dont les défenses immunitaires sont faibles. Virus appartenant à la famille des herpès virus comprenant (entre autres) herpès simplex virus (HSV) ou herpès virus hominis (HVH), cytomégalovirus (CMV), virus varicelle zona (VSV), virus Epstein-Barr (EBV).

Cytométrie

 comptage des cellules.

Cytométrie de flux

 technique permettant de faire défiler des cellules, particules ou molécules à grande vitesse dans le faisceau d'un laser. La lumière réémise (par diffusion ou fluorescence) permet de classer la population suivant plusieurs critères et de les trier.

DVI

 abréviation de diagnostic in vitro.

Diagnostic in vitro

 analyses réalisées hors du corps humain, à partir d'un échantillon biologique: urine, sang, etc.

Diagnostic in vivo

 examens ou recherches réalisés sur un organisme vivant.

Dénombrement

comptage du nombre de micro-organismes (bactéries ou levures) présents dans un échantillon.

Embolie pulmonaire

 obstruction du système artériel irriguant le poumon par un caillot circulant dans le sang.

Endotoxine

 substance située dans la membrane externe de certaines bactéries à Gram négatif, pouvant provoquer de fortes fièvres. 

Entérobactéries

 famille de bacilles (bactéries) mis en évidence par la coloration Gram négative, de nature aérobie et anaérobie (nécessitant ou pas d'oxygène pour vivre et se reproduire).

Entérocoque

 bactérie de forme ovale appartenant à la famille des streptocoques du groupe D, résidant habituellement dans l'intestin de l'homme non malade.

Enzyme

 macromolécule protéique qui accélère une réaction biochimique.

Extraction

 désigne les étapes qui permettent d’extraire les acides nucléiques des cellules qui les contiennent et de les rendre utilisables par les techniques de biologie moléculaire comme l’amplification.

Fongique

 relatif aux champignons.

Génotypage

 détermination de l'ensemble des gènes contenus dans les cellules d'un organisme.

HLA

 de l’anglais Human Leucocyte Antigens - Antigènes d’histocompatibilité dont le rôle est essentiel dans la tolérance des transplantations d'organes et qui sont spécifiques à un individu donné.

Histologie

 étude des tissus qui a pour but d’explorer la composition, la structure, le renouvellement des tissus, ainsi que les échanges cellulaires en leur sein.

Hémoculture

 examen de laboratoire utilisé pour détecter une infection sanguine. Il consiste en un prélèvement de sang veineux, qui est ensuite mis en culture afin de mettre en évidence la présence ou l'absence de micro-organismes pathogènes.

Immunoessai

 test de diagnostic basé sur une réaction antigène/anticorps permettant la détection d’agents infectieux (bactéries, virus, parasites) et de marqueurs pathogènes.

Indicateur de qualité

 terme utilisé en agroalimentaire pour définir les micro-organismes responsables d’altérations visuelles ou gustatives (ex: moisissure ou contamination bactérienne). Le comptage des indicateurs de qualité permet d’apprécier l’hygiène d’un produit.

Infection nosocomiale / Infection liée aux soins

 Infection contractée à l’hôpital ou dans un établissement de soins par un patient qui n’en était pas atteint lors de son admission, et en relation directe avec les soins pratiqués.

Insuffisance rénale aiguë (IRA)

 Défaillance brutale de la fonction rénale qui se développe sous 7 jours. Il s’agit d’un vaste syndrome clinique englobant diverses étiologies, notamment des maladies rénales spécifiques, pouvant survenir dans la communauté, ainsi que dans les hôpitaux et les unités de soins intensifs. 

Listeria

 genre bactérien qui peut provoquer la listériose, maladie infectieuse potentiellement grave chez les nouveau-nés, les femmes enceintes ou les sujets faiblement résistants.

Marqueur

 élément qui permet de détecter la substance sur laquelle il est fixé. Un marqueur biologique (bio-marqueur) est une substance qui, une fois dosée, peut aider au diagnostic d’une pathologie.

Microbiologie

 étude des micro-organismes. Dans le domaine du diagnostic in vitro : mise en culture d’échantillons biologiques, alimentaires ou pharmaceutiques dans un milieu permettant aux bactéries éventuellement présentes de se multiplier. Les bactéries font ensuite l’objet de tests d’identification et, dans certains cas, de sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme).

Micro‑organisme

 organisme vivant de taille microscopique.

Milieux de culture

 composition nutritive, simple ou composée, sous forme liquide ou solide, utilisée pour maintenir ou accroître le développement d'une espèce microbienne dans des conditions biologiques adéquates.

Multiplex

 capacité à transmettre sur un seul support physique de nombreuses données.

Mycobactéries

 bactéries de type bacilles fins. Certaines espèces de mycobactéries sont pathogènes : M. leprae responsable de la lèpre ; M. tuberculosis, responsable de la tuberculose.

Méthicilline

 pénicilline semi-synthétique essentiellement utilisée contre le staphylocoque doré non résistant.

Nosocomiale

 maladie contractée à l’hôpital ou dans un établissement de soins, par un malade qui n’en était pas atteint lors de son admission.

Oncologie

 ou cancérologie est la spécialité médicale d'étude, de diagnostic et de traitement des cancers.

PCR (Polymerase Chain Reaction)

 l'amplification en chaîne par polymérase est une méthode de biologie moléculaire d'amplification génique in vitro. Elle permet de dupliquer en grande quantité (avec un facteur de multiplication de l'ordre du milliard), une séquence d'ADN ou d'ARN connue, à partir d'une faible quantité initiale. Il s'agit d'une méthode particulièrement adaptée pour détecter la présence de virus. 

POC / POCT

 services offerts au chevet du patient, incluant en particulier les analyses de diagnostic.

Parasite

 organisme vivant qui se nourrit, s'abrite ou se reproduit en établissant une interaction durable avec un autre organisme (l'hôte).

Pathogène

 micro-organisme qui provoque ou peut potentiellement provoquer une maladie infectieuse.

Polyarthrite rhumatoïde

 plus fréquent des rhumatismes inflammatoires chroniques, dont l'origine n'est pas connue avec précision mais qui appartient à une variété de maladies, dites auto-immunes (le malade fabrique des anticorps contre ses propres tissus).

Polymères fonctionnalisés

 macromolécules, organiques ou inorganiques, constituées de l'enchaînement répété d'un même motif, sur laquelle sont greffés des groupements chimiques destinés à donner à cette macromolécule, une fonction particulière.

Procalcitonine (PCT)

 marqueur de l'hôte, précoce et spécifique d'infection bactérienne. Il est utile pour une prescription adaptée des antibiotiques. 

Protéine

 élément de base de toutes cellules vivantes. Une macromolécule biologique composée par une ou plusieurs chaine(s) d’acides aminés liés entre eux par des liaisons peptidiques.

Protéine recombinante de phage

  protéine de queue de bactériophage obtenue par process biotechnologique.

SARM

 bactérie de type Staphylococccus aureus résistante à la méthicilline.

Sepsis

 infection grave de l’organisme se caractérisant par la présence dans le sang de bactéries, champignons, virus ou parasites et associée à une réaction inflammatoire immunitaire du patient (réponse de l'hôte face au pathogène) provoquant une détérioration rapide de l'état général du patient avec éventuellement des défaillances d'organes. 

Septicémie

 infection générale grave de l'organisme par des germes pathogènes qui se manifeste par la présence de micro-organismes dans le sang.

Spectrométrie de masse

 technique analytique permettant d'identifier les molécules et de caractériser leur structure chimique, par l’analyse de la masse et de la charge de leurs ions.

Staphylocoque

 genre bactérien gram positif, se présentant le plus souvent en amas sous forme de grappe.

Substrat

 molécule utilisée comme produit de départ, qui, après s'être liée au site actif d'une enzyme, est transformée en un ou plusieurs produits.

Syndrome coronarien aigu

 diminution du calibre des artères coronaires qui réduit le débit sanguin et induit un défaut d’oxygénation du muscle myocardique.

Syndrome septique

infection systémique grave caractérisée par la présence de bactéries, de champignons, de virus et de parasites dans le sang, combinée à une réaction immunitaire inflammatoire (réponse de l’hôte) pouvant entraîner une dégradation rapide de l’état général du patient et provoquer une éventuelle défaillance d’organes.

Séquençage de l’ADN

 détermination de l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d'ADN donné.

Théranostic

 association d’un test diagnostique à une thérapeutique, à la base d’une médecine personnalisée.

Typage

 méthode pouvant aider à l’évaluation de la compatibilité entre deux individus, leurs organes, tissus ou leurs sangs. Technique utilisée pour caractériser les bactéries.

Virus

 microorganisme infectieux rudimentaire contenant un seul type d'acide nucléique, encagé dans une capside protéique, qui utilise, pour la synthèse de ses propres constituants, les matériaux de la cellule qu'il parasite, et qui se reproduit à partir de son seul matériel génétique.