BIOMÉRIEUX EPISEQ®
Plataforma de análisis de datos de secuenciación de última generación (NGS)
Ofrece aplicaciones fáciles de usar para microbiólogos clínicos: identificación bacteriana y fúngica, gestión de brotes de patógenos clínicos, perfilado del microbioma e identificación de variantes genómicas del SARS-CoV-2.
Cláusula de exención de responsabilidad: la disponibilidad del producto puede variar según el país. Consulte la disponibilidad del producto con un representante local de bioMérieux.
- EPISEQ ID
- EPISEQ CS
- EPISEQ 16S
- EPISEQ SARS-COV-2
- Recursos
EPISEQ® ID
USO EXCLUSIVO EN INVESTIGACIÓN
Para identificación bacteriana y fúngica
EPISEQ® ID es una aplicación web fácil de usar para la identificación bacteriana y fúngica a través de sus respectivas secuencias 16S e ITS de PCR de amplio espectro.
La aplicación utiliza los datos de los secuenciadores de Oxford Nanopore Technologies (ONT).
Facilidad de uso:
- Una solución intuitiva y sencilla para procesar archivos tNGS FASTQ directamente desde el secuenciador de Oxford Nanopore Technologies (**)
- Ofrece funciones de búsqueda a través de muestras históricas almacenadas
- Genera una página de validación para los microorganismos detectados
- Pueden utilizarlo los microbiólogos sin necesidad de tener conocimientos de bioinformática
- Proporciona un informe detallado en PDF
Experiencia en microbiología para ofrecer resultados fiables
- Una base de datos organizada que utiliza la secuenciación de cadenas largas de Oxford Nanopore Technologies, optimizada para el gen 16S de longitud completa de bacterias y las regiones ITS y D1-D2 de hongos.
- EPISEQ® ID proporciona la lista de todas las bacterias y hongos detectados en los datos de secuenciación gracias a su exhaustiva base de datos:
La base de conocimiento se ha creado a partir de bases de datos públicas y privadas de microorganismos seleccionados, combinada con la experiencia en microbiología de bioMérieux, lo que ayuda a identificar más de 3000 bacterias y 1200 hongos, proporcionando una cobertura completa de las especies clínicas de interés.
*(Según la OMS, FDA y publicaciones) - Precisión del resultado con confianza:
Los usuarios pueden confiar en la lista de microorganismos detectados con este indicador que califica la relevancia de la identificación de la especie en función de la cantidad y la calidad de las secuencias con un grado de similitud con respecto a la base de datos de referencia.
Flujo de trabajo rápido e intuitivo
01: Carga
Desde su cuenta personal, puede cargar directamente su archivo FASTQ de Oxford Nanopore Technologies.
EPISEQ® ID está optimizada para analizar la región 16S completa de las bacterias y las regiones ITS a D1-D2 de los hongos.
EPISEQ® ID también es compatible con el amplicón de genes 16S parcial, ITS parcial y D1-D2.
02: Análisis
En un solo clic, EPISEQ® ID asigna identificación bacteriana y fúngica.
EPISEQ® ID ofrece una lista detallada de las bacterias y los hongos detectados al nivel taxonómico más fiable o al nivel de especie más cercano en caso de nivel de identificación superior.
Los diversos controles de calidad permiten al usuario confiar en los resultados obtenidos.
03: Validación e informe
Una vez completado el análisis, una página de validación permite aprobar o rechazar todos los microorganismos detectados.
Se dispondrá de un informe en pdf cuando haya terminado la validación.
EPISEQ® CS
NO DESTINADO AL USO DIAGNÓSTICO
Para la vigilancia de los brotes clínicos de patógenos
EPISEQ® CS realiza la tipificación bacteriana a partir de datos de secuenciación del genoma completo y la caracterización de bacterias multirresistentes. Ayuda a confirmar los brotes de infecciones asociadas con la asistencia sanitaria de manera precoz y exacta. Permite rastrear el nivel de genes de resistencia dentro del hospital. Comunica datos decisivos para seguir investigando un posible brote, activando así los protocolos de prevención y control de infecciones (PCI) en una fase temprana para limitar la propagación.
Facilidad de uso
- Solución de un solo clic para la determinación de agrupamientos y la gestión de brotes.
- Compatible con Illumina y Oxford Nanopore Technologies.
- Información detallada sobre caracterización y genotipado de muestras.
- Herramientas de visualización filogenética (dendrograma y árbol de expansión mínima).
- Informes descargables en PDF.
Experiencia en microbiología / Resistencia a los antimicrobianos
- Abarca la amplia mayoría de microorganismos relacionados con las infecciones asociadas con la asistencia sanitaria.
- Detecta y alerta en caso de brote de plásmidos cuando se forman agrupamientos, incluso entre especies diferentes.
- Evalúa la relevancia filogenética del brote bacteriano sospechoso comparándolo con una base de datos de hasta 80 000 genomas bacterianos.
- Esquema de tipificación multilocus del genoma completo (wgMLST) integrados para cada microorganismo.
- Visualización de los datos de tipificación convencionales cuando estén disponibles (MLST, tipo spa, serotipo, patotipo).
- Más de 4000 genes de resistencia integrados con fenotipos asociados.
EPISEQ® CS
Flujo de trabajo rápido e intuitivo
01: Carga
Desde su cuenta personal, puede cargar directamente los datos de secuenciación de Illumina u Oxford Nanopore Technologies.
Descargar la nota de la aplicación Illumina en PDF.
(Cobertura mínima recomendada: 45x; longitud mínima de secuenciación: 150 PE)
02: Análisis
Con un solo clic, realice la caracterización genómica y un análisis filogenético de las cepas basado en la MLST del genoma completo de las cepas. Los nuevos resultados obtenidos se compararán de forma automática con las muestras enviadas con anterioridad.
03: Informe
Una vez terminado el análisis, se dispondrá de un informe fácil de interpretar. Ahora dispone de datos esenciales para seguir investigando un posible brote o agrupamiento, incluida la información sobre resistoma, viruloma y plásmidos.
El informe proporciona la información más precisa tanto a nivel de muestra como de grupo para cubrir sus necesidades durante un brote:
- confirma la cadena de identificación;
- determina la relación genética entre sus propias cepas y las cepas de la base de conocimiento;
- proporciona información sobre resistoma, viruloma y plásmidos;
- identifica y diferencia las cepas de los brotes de las cepas endémicas.
Amplia lista de especies bacterianas
bioMérieux lleva mucho tiempo cooperando con los profesionales sanitarios en la lucha contra la resistencia a los antimicrobianos (AMR) y las infecciones asociadas con la asistencia sanitaria, en particular ofreciendo medios de cultivo innovadores, reactivos ID/AST e instrumentos para pruebas microbiológicas rápidas y fiables, junto con soluciones de control medioambiental y apoyo educativo.
Con EPISEQ® CS, ahora podemos ofrecerle una aplicación que le ayudará a gestionar las infecciones asociadas con la asistencia sanitaria en sus instalaciones. La herramienta en línea pone a su disposición la tecnología NGS, así como una de las bases de datos bacterianas más amplias del mundo. Obtendrá información crítica para rastrear, ayudar a prevenir, contener y detener la propagación de enfermedades infecciosas e infecciones asociadas con la asistencia sanitaria.
bioMérieux ha identificado 14 especies bacterianas que abarcan la mayoría de las infecciones asociadas con la asistencia sanitaria:
- Acinetobacter baumannii
- Clostridioides difficile
- Enterococcus faecalis
- Acinetobacter baumannii
- Klebsiella oxytoca
- Staphylococcus aureus
- Complejo Burkholderia cepacia
- Escherichia coli / Shigella
- Klebsiella pneumoniae
- Enterococcus faecium
- Citrobacter freundii
- Pseudomonas aeruginosa
- Klebsiella aerogenes
- Serratia marcescens
EPISEQ® 16S
NO DESTINADO AL USO DIAGNÓSTICO
Para estudios de perfilado del microbioma
EPISEQ® 16S ayuda a investigar el papel del MICROBIOMA en la salud del paciente. Abarca toda la diversidad de bacterias y arqueas con relativa abundancia y riqueza. Esta solución ayuda a los usuarios a descubrir biomarcadores predictivos en la microbiota.
Facilidad de uso
- Solución intuitiva y fácil para identificar patrones en la microbiota y sus asociaciones con los resultados clínicos o el impacto del tratamiento antibiótico en una microbiota determinada.
- Importación directa de datos sin procesar de amplicones del 16S de Illumina (FASTQ).
- Amplio conjunto de herramientas de visualización para explorar los datos.
- Estadísticas integradas que le permiten confiar en sus resultados.
- Análisis con interacción de tiempo.
- Informe personalizado que muestra aquello que es importante que conozca.
Experiencia en microbiología / Resistencia a los antimicrobianos
- Abarca toda la diversidad de bacterias y arqueas (SILVA 138, 2019-12-16).
- Visualización de abundancia relativa.
- Visualización de diversidad alfa y beta.
- Agrupamiento de datos.
EPISEQ® 16S
Flujo de trabajo rápido e intuitivo
01: Carga
Desde su cuenta personal, puede cargar directamente sus archivos FASTQ de Illumina.
(Cobertura mínima recomendada: 100 000 lecturas por muestra; longitud mínima de secuenciación: 300 PE)
02: Análisis
Mediante un sencillo modelo de suscripción, la aplicación ejecuta de forma automática todos los pasos necesarios, comenzando con la depuración de datos y la evaluación de la calidad de los datos de secuenciación sin procesar de Illumina, pasando por la caracterización de la composición del microbioma de cada muestra, hasta la visualización interactiva para el usuario y los análisis estadísticos.
EPISEQ® 16S le permite realizar análisis de series temporales del microbioma para proporcionar ideas esenciales sobre los posibles cambios de tendencia en la estructura y función de las comunidades microbianas a lo largo del tiempo.
03: Informe
Se dispondrá de un informe cuando haya terminado el análisis. El informe se puede personalizar para que incluya solo los gráficos y resultados que desee.
EPISEQ® SARS-COV-2
NO DESTINADO AL USO DIAGNÓSTICO
Para la identificación de las variantes SARS-CoV-2
EPISEQ® SARS-COV-2 permite identificar variantes genómicas del SARS-COV-2 sin conocimientos de bioinformática. Los usuarios pueden realizar análisis de variantes de forma rutinaria y descargar los archivos necesarios para entregarlos a las autoridades de salud pública para garantizar la conformidad (archivo FastA y archivos BAM).
Facilidad de uso
- Solución de un solo clic para identificar variantes del SARS-CoV-2 a partir de datos de secuenciación sin procesar.
- Importación directa del archivos FASTQ:
- Illumina (lectura desde un único extremo o desde ambos extremos)
- Thermo Fisher Ion Torrent™
- Oxford Nanopore Technologies
- Se puede descargar un informe detallado por muestra.
Experiencia en microbiología / Resistencia a los antimicrobianos
- Visualización de la información del control de calidad.
- Identificación de variantes basada en la nomenclatura Nextstrain¹ y Pango².
- Actualizaciones semanales de las nomenclaturas Pango y Nextstrain.
- Lista de mutaciones detectadas en todos los genes del genoma del SARS-CoV-2, incluido el gen spike.
- Identificación de la variante preocupante según la OMS³ y el CDC⁴.
- Alineación de las lecturas con la referencia disponible para su descarga en formato BAM.
- Ensamblaje del genoma disponible para descarga en formato FASTA.
Flujo de trabajo rápido e intuitivo
01: Carga
Desde su cuenta personal, puede cargar directamente sus archivos:
- Illumina (lectura desde un único extremo o desde ambos extremos)
- Thermo Fisher Ion Torrent™
- FASTQ de Oxford Nanopore Technologies
Se recomienda el uso de enfoques basados en amplicones diana o en capturas diana.
Conjuntos de cebadores compatibles:
- ARTIC v3
- ARTIC v4
- ARTIC v4.1
- VarSkip Short (VSS)
- Midnight (v1200)
- QIASeq DIRECT
02: Análisis
Mediante un sencillo modelo de suscripción, obtendrá acceso al servicio en la nube que realiza todos los pasos necesarios, comenzando por la validación de los datos de entrada, seguido de la evaluación de la calidad de los datos de secuenciación sin procesar, un mapeo de alineación de los datos con el genoma de referencia, un ensamblaje del genoma, la identificación de variantes y el cribado de mutaciones.
03:Informe
Se dispondrá de un informe en pdf una vez el análisis haya terminado.
El informe se puede consultar o descargar en la aplicación EPISEQ® SARS-COV-2.
