BIOMÉRIEUX EPISEQ®
Plataforma de análise de dados de sequenciação de última geração (NGS)
Proporciona aplicações fáceis de utilizar para microbiologistas clínicos: identificação de bactérias e fungos, gestão de surtos de agentes patogénicos clinicamente relevantes, perfilagem do microbioma e identificação de variantes genómicas do SARS-CoV-2.
Isenção de responsabilidade: a disponibilidade do produto varia consoante o país. Consulte o representante local da bioMérieux sobre a disponibilidade do produto no seu país.
- EPISEQ ID
- EPISEQ CS
- EPISEQ 16S
- EPISEQ SARS-COV-2
- Recursos
EPISEQ® ID
APENAS PARA USO EM INVESTIGAÇÃO
Para identificação de bactérias e fungos
O EPISEQ® ID é uma aplicação baseada na Web fácil de utilizar para a identificação de bactérias e fungos através das suas respetivas sequências de PCR de 16S e ITS de amplo espectro.
A aplicação é desenvolvida pelos dados de sequenciação da Oxford Nanopore Technologies (ONT).
Facilidade de utilização:
- Uma solução intuitiva e fácil para processar ficheiros tNGS FASTQ diretamente do sequenciador da Oxford Nanopore Technologies (**)
- Oferece funcionalidades de pesquisa através de amostras históricas armazenadas
- Produz uma página de validação para os microrganismos detetados
- Utilizável por microbiologistas sem conhecimento de bioinformática
- Fornece um relatório abrangente em PDF
Conhecimentos em microbiologia para fornecer resultados confiáveis e seguros
- Uma base de dados selecionada que aproveita a sequenciação de leitura longa da Oxford Nanopore Technologies, otimizada para regiões bacterianas 16S e fúngicas ITS+D1D2 completas.
- O EPISEQ® ID fornece a lista de todas as bactérias e fungos detetados nos dados de sequenciação através da sua base de dados abrangente:
A base de informação é desenvolvida com bases de dados provenientes de microrganismos presentes em instituições públicas e privadas, combinados com os conhecimentos microbiológicos da bioMérieux, que ajudam a identificar mais de 3.000 bactérias e 1.200 fungos, abrangendo as espécies clínicamente relevantes.
*(de acordo com a OMS, a FDA argos e publicações) - Precisão dos resultados com uma pontuação de confiança:
Os utilizadores podem confiar na lista de microrganismos detetados com este indicador, que classifica a relevância da identificação das espécies com base na quantidade e qualidade das sequências enriquecidas com um grau de semelhança em relação à base de dados de referência.
Fluxo de trabalho rápido e intuitivo
01 – Upload
Da sua conta pessoal, pode introduzir diretamente o seu ficheiro Oxford Nanopore Technologies FASTQ.
O EPISEQ® ID é otimizado para toda a região 16S de bactérias e ITS a D1D2 de fungos.
O EPISEQ® ID também é compatível com amplicon em genes 16S parcial e ITS e D1D2 parciais.
02 – Analisar
Através de um único clique, o EPISEQ® ID atribui a identificação de bactérias e fungos.
O EPISEQ® ID apresenta uma lista abrangente de bactérias e fungos detetados a nível taxonómico mais confiável ou ao nível das espécies mais próximo no caso de um nível de identificação superior.
Vários controlos de qualidade permitem ao utilizador confiar nos resultados entregues.
03 – Validar e obter o relatório
Quando a análise é concluída, uma página de validação permite aprovar ou rejeitar todos os microrganismos detetados.
Um relatório em pdf ficará disponível assim que a validação for concluída.
EPISEQ® CS
NÃO SE DESTINA A USO DIAGNÓSTICO
Para monitorização de surtos de patógenos clínicos
O EPISEQ® CS realiza a tipagem bacteriana com base em dados de sequenciação do genoma completo e caracterização de bactérias multirresistentes. Ajuda a confirmar surtos de infeções associadas aos cuidados de saúde (IACS) de forma precoce e precisa. Permite rastrear o nível de genes de resistência dentro do hospital. Relata dados decisivos para investigar em profunidade um potencial surto ou aglomerado, acionando assim protocolos de Prevenção e Controlo de Infeções (PCI) numa fase inicial para limitar a propagação do surto.
Facilidade de uso
- Com apenas um clique obtém a determinação de agrupamento de casos e a gestão de surtos
- Compatível com Illumina e Oxford Nanopore Technologies
- Caracterização abrangente de amostra e informações de genotipagem
- Ferramentas de visualização de filogenética (dendograma e árvore de expansão mínima)
- Relatórios em PDF para download
Conhecimento de microbiologia/resistência a antimicrobianos
- Aborda a maioria dos microrganismos relacionados a IACS
- Deteta e alerta no caso de um surto de plasmídeos quando se formam agrupamentos de casos, mesmo entre diferentes espécies
- Avalia a relevância pirogenética do surto de bactérias suspeito em relação a uma base de dados de até 80 mil genomas bacterianos
- Esquema wgMLST integrado para cada microrganismo
- Identificação de dados de tipagem convencional quando disponível (MLST, tipo spa, serotipo, patotipo)
- Mais de 4.000 genes de resistência integrados com fenótipos associados
EPISEQ® CS
Fluxo de trabalho rápido e intuitivo
01 – Upload
Da sua conta pessoal, pode fazer o upload direto dos seus dados de sequenciação Illumina ou Oxford Nanopore Technologies.
Transferir o PDF de nota de aplicativo Illumina.
(Cobertura mínima recomendada: 45x; comprimento de sequenciação mínimo: 150 PE)
02 – Analisar
Através de um único clique, faça a caracterização genómica e uma análise filogenética de estirpes com base no MLST de genoma total das estirpes. Os resultados acabados de obter serão comparados automaticamente com as suas amostras enviadas anteriormente.
03 – Relatório
Um relatório fácil de interpretar ficará disponível assim que a análise for concluída. Assim, terá dados decisivos para investigar mais a fundo um possível surto ou grupo de casos, incluindo informações sobre resistoma, viruloma e plasmídeos.
O relatório fornece as informações mais precisas sobre o nível de amostra e grupo para atender às suas necessidades durante uma situação de surto:
- Confirma a identificação da estirpe
- Determina a relação genética entre as suas próprias estirpes e as estirpes na base de dados
- Fornece informações sobre resistoma, viruloma e plasmídeo
- Identifica e diferencia estirpes de surto das estirpes endémicas
Ampla lista de espécies de bactérias
A bioMérieux é parceira de profissionais da saúde na luta contra AMR e IACS em particular, oferecendo meios de cultura inovadores, reagentes ID/AST e sistemas para testes rápidos e confiáveis de microbiologia, além de soluções de controlo ambiental e suporte educacional.
Com o EPISEQ® CS, podemos atualmente proporcionar-lhe uma aplicação que o ajudará a gerir as infeções hospitalares nas suas instalações. A ferramenta online coloca à sua disposição a tecnologia NGS, juntamente com uma das mais extensas bases de dados de estirpes bacterianas do mundo. Obterá informações essenciais para rastrear, ajudar a prevenir, conter e impedir a propagação de doenças infeciosas e infeções hospitalares.
A bioMérieux identificou 14 espécies de bactérias que cobrem a maioria dos microrganismos relacionados com as IACS:
- Acinetobacter baumannii
- Clostridioides difficile
- Enterococcus faecalis
- Acinetobacter baumannii
- Klebsiella oxytoca
- Staphylococcus aureus
- Burkholderia cepacia complex
- Escherichia coli/Shigella
- Klebsiella pneumoniae
- Enterococcus faecium
- Citrobacter freundii
- Pseudomonas aeruginosa
- Klebsiella aerogenes
- Serratia marcescens
EPISEQ® 16S
NÃO SE DESTINA A USO DIAGNÓSTICO
Para estudos de perfil do microbioma
O EPISEQ® 16S ajuda a investigar o papel do MICROBIOMA na saúde do paciente. Abrange toda a diversidade de bactérias e arqueas com abundância e riqueza relativas. Esta solução ajuda os utilizadores a descobrir biomarcadores preditivos na microbiota.
Facilidade de utilização
- Uma solução intuitiva e fácil para identificar padrões na microbiota e suas associações com desfechos clínicos ou com impacto de antibioterapia sobre um determinado microbiota
- Importa diretamente dados brutos do Illumina 16S amplicon (FASTQ)
- Amplo conjunto de ferramentas de visualização para explorar dados
- Estatísticas integradas que permitem que confie nos seus resultados
- Análise de interação de tempo
- Relatório personalizado que exibe o que é importante saber
Conhecimento de microbiologia/resistência a antimicrobianos
- Cobre toda a diversidade de bactérias e archaea (SILVA 138, 2019-12-16)
- Identificação de abundância relativa
- Identificação de diversidades alfa e beta
- Agrupamento de dados
EPISEQ® 16S
Fluxo de trabalho rápido e intuitivo
01 – Upload
Da sua conta pessoal, pode carregar diretamente os seus ficheiros Illumina FASTQ.
(Cobertura mínima recomendada: 100 mil leituras por amostra; Comprimento mínimo de sequenciação: 300 PE)
02 – Analisar
Utilizando um modelo de subscrição simples, a aplicação executa automaticamente todas as etapas necessárias, desde a redução de ruído e avaliação da qualidade dos dados brutos de sequenciação Illumina, passando pela caracterização da composição do microbioma de cada amostra, até à visualização interativa pelo utilizador e análises estatísticas.
O EPISEQ® 16S permite realizar análises de séries temporais do microbioma para fornecer informações críticas sobre possíveis mudanças nas tendências da estrutura e função das comunidades microbianas ao longo do tempo.
03 – Relatório
Um relatório fica disponível após a análise ter sido concluída. O relatório pode ser personalizado para incluir apenas os gráficos e os resultados que pretende incluir.
EPISEQ® SARS-COV-2
NÃO SE DESTINA A USO DIAGNÓSTICO
Para identificação de variante do SARS-CoV-2
O EPISEQ® SARS-COV-2 permite identificar variantes genómicas do SARS-COV-2 sem conhecimentos de bioinformática. Os utilizadores podem realizar análises de variantes de rotina e descarregar os ficheiros necessários para enviar às autoridades de saúde pública para conformidade (ficheiro FastA, chamada de variantes e ficheiros BAM).
Facilidade de utilização
- Basta um único clique para identificar variantes do SARS-CoV-2 a partir de dados brutos de sequenciação
- Importação direta de ficheiros FASTQ:
- Illumina (extremidade pareada ou extremidade simples)
- Thermo Fisher Ion Torrent™
- Oxford Nanopore Technologies
- Um relatório completo por amostra está disponível para download
Conhecimento de microbiologia/resistência a antimicrobianos
- Exibição de informações de controlo de qualidade
- Identificação de variante com base na nomenclatura Nextstrain¹ e Pango²
- Atualizações semanais das nomenclaturas Pango e Nextstrain
- Lista de mutações detetadas em todos os genes do genoma SARS-CoV-2, incluindo o gene spike
- Identificação de variante relevante com base na OMS³ e no CDC⁴
- Alinhamento de leituras com relação à referência disponível para download no formato BAM
- Montagem de genoma disponível para download em formato FASTA
Fluxo de trabalho rápido e intuitivo
01 – Upload
Da sua conta pessoal, pode carregar diretamente os seus:
- Illumina (extremidade pareada ou extremidade simples)
- Thermo Fisher Ion Torrent™
- Arquivos Oxford Nanopore Technologies FASTQ
É recomendado usar abordagens baseadas em captura direcionada ou baseadas em amplicon direcionadas.
Conjuntos de primer compatíveis:
- ARTIC v3
- ARTIC v4
- ARTIC v4.1
- VarSkip Short (VSS)
- Midnight (v1200)
- QIASeq DIRECT
02 – Analisar
Utilizando um modelo de subscrição simples, terá acesso ao serviço na nuvem que executa todas as etapas necessárias, começando pela validação da entrada, seguida pela avaliação da qualidade dos dados brutos de sequenciação, um mapeamento de alinhamento dos dados em relação ao genoma de referência, uma montagem do genoma, identificação de variantes e triagem de mutações.
03 – Relatório
Um relatório de amostra em PDF ficará disponível após a análise ter sdo concluída.
O relatório pode ser consultado no aplicativo EPISEQ® SARS-COV-2 ou transferi-lo, se o pretender.
