BIOMÉRIEUX EPISEQ®
Plataforma de análise de dados de sequenciamento da próxima geração (NGS)
Proporciona aplicações fáceis de usar para microbiólogos clínicos: identificação de bactérias e fungos, gerenciamento de surto de patógenos clínicos, perfil de microbioma e identificação de variantes genômicas do SARS-CoV-2.
Isenção de responsabilidade: a disponibilidade do produto varia conforme o país. Consulte seu representante local da bioMérieux sobre a disponibilidade do produto no seu país.
- EPISEQ ID
- EPISEQ CS
- EPISEQ 16S
- EPISEQ SARS-COV-2
- Recursos
EPISEQ® ID
APENAS PARA USO EM PESQUISA
Para identificação de bactérias e fungos
O EPISEQ® ID é um aplicativo baseado na Web fácil de usar para a identificação de bactérias e fungos por meio de suas respectivas sequências de PCR de 16S e ITS de amplo alcance.
O aplicativo é desenvolvido pelos dados de sequenciadores da Oxford Nanopore Technologies (ONT).
Facilidade de uso:
- uma solução intuitiva e fácil para processar arquivo tNGS FASTQ diretamente do sequenciador Oxford Nanopore Technologies (**)
- Oferece funcionalidades de pesquisa por meio de amostras históricas armazenadas
- Produz uma página de validação para os organismos detectados
- Usável por microbiólogos sem conhecimento de bioinformática
- Fornece um relatório abrangente em PDF
Conhecimento de microbiologia para gerar resultados confiáveis
- Um banco de dados selecionado aproveitando o sequenciamento de leituras longas da Oxford Nanopore Technologies, otimizado para regiões 16S de bactérias e ITS+D1D2 de fungos de comprimento total.
- O EPISEQ® ID fornece a lista de todas as bactérias e fungos detectados nos dados de sequenciamento graças ao seu banco de dados abrangente:
A base de conhecimento é desenvolvida com bancos de dados de organismos públicos e privados selecionados, combinados ao conhecimento microbiológico da bioMérieux, ajudando a identificar mais de 3.000 bactérias e 1.200 fungos, cobertura abrangente para as espécies clínicas relevantes.
*(de acordo com a OMS, a FDA argos e publicações) - Precisão do resultado com uma pontuação de confiança:
Os usuários podem contar com a lista de organismos detectados com esse indicador classificando a relevância da identificação de espécies com base na quantidade e na qualidade das sequências aprimorado com um grau de similaridade com relação ao banco de dados de referência.
Fluxo de trabalho rápido e intuitivo
01 – Upload
Da sua conta pessoal, você pode carregar diretamente seu arquivo Oxford Nanopore Technologies FASTQ.
O EPISEQ® ID é otimizado para toda a região 16S de bactérias e ITS a D1D2 de fungos.
O EPISEQ® ID também é compatível com amplicon em genes 16S parcial e ITS e D1D2 parciais.
02 – Analisar
Em um só clique, o EPISEQ® ID atribui identificação de bactérias e fungos.
O EPISEQ® ID apresenta uma lista abrangente de bactérias e fungos detectados no nível taxonômico mais confiável ou no nível de espécies mais próximo no caso de um nível de identificação superior.
Vários controles de qualidade permitem ao usuário confiar nos resultados entregues.
03 – Validar e relatar
Quando a análise é concluída, uma página de validação permite aprovar ou rejeitar todos os organismos detectados.
Um relatório em PDF está disponível depois que a validação é concluída.
EPISEQ® CS
NÃO SE DESTINA A USO DIAGNÓSTICO
Para monitoramento de surto de patógenos clínicos
O EPISEQ® CS realiza a tipagem bacteriana com base nos dados de sequenciamento de genoma completo e na caracterização de bactérias multirresistentes. Ele ajuda a confirmar surtos de infecções associadas a saúde (HAIs) de modo rápido e preciso. Possibilita acompanhar o nível de resistência dos genes no hospital. Relata dados decisivos para investigar melhor um possível surto ou cluster, acionando protocolos de prevenção e controle de infecções (IPC) em um estágio precoce para limitar a disseminação do surto.
Facilidade de uso
- Uma solução com um clique para determinação de cluster e manejo de surto
- Compatível com Illumina e Oxford Nanopore Technologies
- Caracterização abrangente de amostra e informações de genotipagem
- Ferramentas de visualização de filogenética (dendograma e árvore de espalhamento mínima)
- Relatórios em PDF para download
Conhecimento de microbiologia/resistência a antimicrobianos
- Aborda a maioria dos organismos relacionados a HAI
- Detecta e alerta no caso de um surto de plasmídeos quando se formam clusters, mesmo entre diferentes espécies
- Avalia a relevância pirogenética de seu surto de bactérias suspeito com relação a um banco de dados de até 80 mil genomas bacterianos
- Esquema wgMLST integrado para cada organismo
- Exibição de dados de tipagem convencional quando disponível (MLST, tipo spa, sorotipo, patotipo)
- Mais de 4.000 genes de resistência integrados com fenótipos associados
EPISEQ® CS
Fluxo de trabalho rápido e intuitivo
01 – Upload
Da sua conta pessoal, você pode fazer o upload direto dos seus dados de sequenciamento Illumina ou Oxford Nanopore Technologies.
Baixar o PDF de nota de aplicativo Illumina.
(Cobertura mínima recomendada: 45x; comprimento de sequenciamento mínimo: 150 PE)
02 – Analisar
Com um só clique, faça a caracterização genômica e uma análise filogenética de cepas com base no MLST de genoma total das cepas. Os resultados recém-obtidos serão comparados automaticamente com suas amostras enviadas anteriormente.
03 – Relatório
Um relatório fácil de interpretar está disponível depois que a análise é concluída. Agora você tem dados decisivos para investigar melhor um possível surto ou cluster, incluindo informações de resistoma, viruloma e plasmídeo.
O relatório fornece as informações mais precisas sobre o nível de amostra e grupo para atender às suas necessidades durante uma situação de surto:
- Confirma a identificação da cepa
- Determina a relação genética entre suas próprias cepas e as cepas na base de conhecimento
- Fornece informações sobre resistoma, viruloma e plasmídeo
- Identifica e diferencia cepas de surto de cepas endêmicas
Ampla lista de espécies de bactérias
A bioMérieux é parceira de profissionais da saúde na batalha contra AMR e HAIs em particular, oferecendo meio de cultura inovador, reagentes ID/AST e instrumentos para teste rápido e confiável de microbiologia, além de soluções de controle ambiental e suporte educacional.
Com o EPISEQ® CS, agora podemos oferecer a você um aplicativo que ajudará a gerenciar HAIs nas suas instalações. A ferramenta online disponibiliza a você a tecnologia NGS, junto com um dos bancos de dados mais abrangentes do mundo de cepas de bactérias. Você obterá informações críticas para acompanhar, ajudar a prevenir, conter e interromper a disseminação de doenças e HAIs.
A bioMérieux identificou 14 espécies de bactérias que cobrem a maioria dos organismos relacionados a HAI:
- Acinetobacter baumannii
- Clostridioides difficile
- Enterococcus faecalis
- Acinetobacter baumannii
- Klebsiella oxytoca
- Staphylococcus aureus
- Burkholderia cepacia complex
- Escherichia coli/Shigella
- Klebsiella pneumoniae
- Enterococcus faecium
- Citrobacter freundii
- Pseudomonas aeruginosa
- Klebsiella aerogenes
- Serratia marcescens
EPISEQ® 16S
NÃO SE DESTINA A USO DIAGNÓSTICO
Para estudos de perfil do microbioma
O EPISEQ® 16S ajuda a investigar o papel do MICROBIOMA na saúde dos pacientes. Ele cobre toda a diversidade de bactérias e archaea com abundância e riqueza relativas. Essa solução apoia os usuários na descoberta de biomarcadores na microbiota.
Facilidade de uso
- Uma solução intuitiva e fácil para identificar padrões na microbiota e suas associações com desfechos clínicos ou o impacto de tratamento antibiótico sobre uma dada microbiota
- Importe diretamente dados brutos Illumina 16S amplicon (FASTQ)
- Amplo conjunto de ferramentas de visualização para explorar dados
- Estatísticas integradas que permitem que você confie nos seus resultados
- Análise de interação de tempo
- Relatório personalizado que exibe o que é importante saber
Conhecimento de microbiologia/resistência a antimicrobianos
- Cobre toda a diversidade de bactérias e archaea (SILVA 138, 2019-12-16)
- Exibição de abundância relativa
- Exibição de diversidades alfa e beta
- Agrupamento de dados
EPISEQ® 16S
Fluxo de trabalho rápido e intuitivo
01 – Upload
Da sua conta pessoal, você pode carregar diretamente seus arquivos Illumina FASTQ.
(Cobertura mínima recomendada: 100 mil leituras por amostra; Comprimento mínimo de sequenciamento: 300 PE)
02 – Analisar
Usando um modelo de assinatura direto, o aplicativo executa automaticamente todas as etapas necessárias, começando com a redução de ruído e a avaliação de qualidade de dados de sequenciamento Illumina brutos, além da caracterização da composição do microbioma de cada amostra, para aprimorar as análises estatísticas e a visualização interativa do usuário.
O EPISEQ® 16S permite que você realize análise de série temporal do microbioma para fornecer percepções críticas sobre possíveis mudanças de tendência na estrutura e na função das comunidades microbianas ao longo do tempo.
03 – Relatório
Um relatório está disponível depois que a análise é concluída. O relatório pode ser personalizado para incluir apenas os gráficos e os resultados que você quer incluir.
EPISEQ® SARS-COV-2
NÃO SE DESTINA A USO DIAGNÓSTICO
Para identificação de variante do SARS-CoV-2
O EPISEQ® SARS-COV-2 permite identificar variantes genômicas SARS -COV-2 sem habilidades de bioinformática. Os usuários podem realizar análise de variante de base de rotina e baixar os arquivos necessários para enviar à autoridade de saúde pública para conformidade (arquivo FastA, chamada de variante e arquivos BAM).
Facilidade de uso
- Solução de um clique para identificar variantes SARS-CoV-2 começando com dados de sequenciamento bruto
- Importação direta de arquivos FASTQ:
- Illumina (extremidade pareada ou extremidade simples)
- Thermo Fisher Ion Torrent™
- Oxford Nanopore Technologies
- Um relatório abrangente por amostra está disponível para download
Conhecimento de microbiologia/resistência a antimicrobianos
- Exibição de informações de controle de qualidade
- Identificação de variante com base na nomenclatura Nextstrain¹ e Pango²
- Atualizações semanais das nomenclaturas Pango e Nextstrain
- Lista de mutações detectadas em todos os genes do genoma SARS-CoV-2, incluindo o gene spike
- Identificação de variante relevante com base na OMS³ e no CDC⁴
- Alinhamento de leituras com relação à referência disponível para download no formato BAM
- Montagem de genoma disponível para download no formato FASTA
Fluxo de trabalho rápido e intuitivo
01 – Upload
Da sua conta pessoal, você pode carregar diretamente seus:
- Illumina (extremidade pareada ou extremidade simples)
- Thermo Fisher Ion Torrent™
- Arquivos Oxford Nanopore Technologies FASTQ
É recomendado usar abordagens baseadas em captura direcionada ou baseadas em amplicon direcionadas.
Conjuntos de primer compatíveis:
- ARTIC v3
- ARTIC v4
- ARTIC v4.1
- VarSkip Short (VSS)
- Midnight (v1200)
- QIASeq DIRECT
02 – Analisar
Usando o modelo de assinatura direto, você obterá acesso ao serviço de nuvem que executa todas as etapas necessárias, começando com a validação de entrada, seguida pela avaliação de qualidade dos dados de sequenciamento brutos, um mapeamento de alinhamento dos dados com relação ao genoma de referência, um conjunto de genoma, identificação de variante e triagem de mutação.
03 – Relatório
Umrelatório de amostra em PDF está disponível depois que a análise é concluída.
O relatório pode ser consultado no aplicativo EPISEQ® SARS-COV-2 ou baixado, se desejado.
