BIOMÉRIEUX EPISEQ®
Piattaforma di analisi dei dati di sequenziamento di nuova generazione (NGS)
Offre applicazioni di facile utilizzo per microbiologi clinici: identificazione di batteri e funghi, gestione di focolai di infezione causati da agenti patogeni ospedalieri, profilazione microbica e identificazione delle varianti genomiche di SARS-CoV-2.
Esonero di responsabilità: la disponibilità dei prodotti varia in base al Paese. Per informazioni sulla disponibilità dei prodotti nel proprio Paese, consultare il rappresentante bioMérieux di zona.
- EPISEQ ID
- EPISEQ CS
- EPISEQ 16S
- EPISEQ SARS-COV-2
- Risorse
EPISEQ® ID
SOLO PER SCOPI DI RICERCA
Per l’identificazione di batteri e funghi
EPISEQ® ID è un’applicazione basata sul web facile da utilizzare, destinata all’identificazione di batteri e funghi attraverso le rispettive sequenze 16S e ITS amplificate mediante PCR ad ampio spettro.
L’applicazione utilizza i dati dei sequenziatori di Oxford Nanopore Technologies (ONT).
Facilità di utilizzo:
- Una soluzione semplice e intuitiva per elaborare file FASTQ generati mediante tNGS direttamente dal sequenziatore di Oxford Nanopore Technologies (**)
- Offre funzionalità di ricerca attraverso campioni storici memorizzati
- Genera una pagina di convalida per gli organismi rilevati
- Può essere utilizzato dai microbiologi senza necessità di conoscenze in bioinformatica
- Genera un referto completo in formato PDF
Competenza in microbiologia per risultati veramente affidabili
- Un database perfettamente organizzato che utilizza il sequenziamento di letture lunghe di Oxford Nanopore Technologies, ottimizzato per le regioni batteriche 16S e fungine ITS+D1D2 a lunghezza completa.
- EPISEQ® ID fornisce l’elenco di tutti i batteri e funghi rilevati nei dati di sequenziamento grazie al suo database completo:
La knowledge base è stata creata a partire da database pubblici e privati di organismi selezionati, combinati con la competenza in microbiologia di bioMérieux che ha aiutato a identificare più di 3.000 batteri e 1.200 funghi, offrendo una copertura completa per le specie cliniche di interesse.
*(secondo l’OMS, la FDA-ARGOS e diverse pubblicazioni) - Accuratezza del risultato con un punteggio di confidenza:
Gli utenti possono fare affidamento sull’elenco degli organismi rilevati grazie a questo indicatore che valuta la rilevanza delle specie identificate in base alla quantità e alla qualità delle sequenze nonché al grado di analogia rispetto al database di riferimento.
Flusso di lavoro rapido e intuitivo
01 - Caricamento
Dall’account personale, è possibile caricare direttamente il file FASTQ di Oxford Nanopore Technologies.
EPISEQ® ID è ottimizzato per l’intera regione 16S dei batteri e per la regione da ITS a D1D2 dei funghi.
EPISEQ® ID è inoltre compatibile con l’amplicone del gene parziale 16S e dei geni parziali ITS e D1D2.
02 - Analisi
Con un solo clic, EPISEQ® ID assegna l’identificazione batterica e fungina.
EPISEQ® ID fornisce un elenco completo di batteri e funghi rilevati al livello tassonomico più affidabile oppure al livello di specie più vicino in caso di livello di identificazione superiore.
Diversi controlli di qualità consentono all’utente di fare affidamento sui risultati generati.
03 - Convalida e refertazione
Una volta completata l’analisi, una pagina di convalida consente di approvare o rifiutare tutti gli organismi rilevati.
Al termine della convalida, viene reso disponibile un referto in formato PDF.
EPISEQ® CS
NON PER USO DIAGNOSTICO
Per il monitoraggio di focolai di infezione causati da agenti patogeni ospedalieri
EPISEQ® CS esegue la tipizzazione batterica in base ai dati di sequenziamento dell’intero genoma e alla caratterizzazione dei batteri multiresistenti. È di ausilio nella conferma precoce ed accurata di focolai di infezioni associate all’assistenza sanitaria (HAI). Consente di monitorare il livello dei geni di resistenza all’interno dell’ospedale. Fornisce dati decisivi per indagare ulteriormente su un potenziale focolaio o cluster infettivo, attivando così protocolli di prevenzione e controllo delle infezioni (IPC) in una fase precoce per limitare la diffusione del focolaio.
Facilità di utilizzo
- Una soluzione con un solo clic per la determinazione di eventuali cluster e la gestione di focolai di infezione
- Compatibile con Illumina e Oxford Nanopore Technologies
- Informazioni complete sulla caratterizzazione e genotipizzazione del campione
- Strumenti di visualizzazione filogenetica (dendrogramma e albero ricoprente minimo)
- Referti scaricabili in formato PDF
Competenza in microbiologia / Resistenza agli antimicrobici
- Copre la stragrande maggioranza degli organismi correlati alle HAI
- Rileva e, in caso di diffusione plasmidica, avvisa quando si formano cluster, anche tra specie differenti
- Valuta la rilevanza filogenetica del sospetto focolaio batterico rispetto a un database contenente fino a 80.000 genomi batterici
- Schema wgMLST integrato per ciascun organismo
- Visualizzazione dei dati di tipizzazione convenzionali, se disponibili (MLST, tipo spa, sierotipo, patotipo)
- Più di 4.000 geni di resistenza incorporati con fenotipi associati
EPISEQ® CS
Flusso di lavoro rapido e intuitivo
01 - Caricamento
Dall’account personale, è possibile caricare direttamente i dati di sequenziamento Illumina o Oxford Nanopore Technologies.
Scaricare la nota applicativa di Illumina in formato PDF.
(Copertura minima consigliata: 45x; lunghezza minima di sequenziamento: 150 PE)
02 - Analisi
Con un solo clic, eseguire la caratterizzazione genomica e un’analisi filogenetica dei ceppi basata sulla MLST dell’intero genoma dei ceppi. I nuovi risultati ottenuti verranno confrontati automaticamente con i campioni inviati in precedenza.
03 - Refertazione
Al termine dell’analisi, viene reso disponibile un referto di facile interpretazione. Si dispone ora di dati decisivi per indagare ulteriormente su un potenziale focolaio o cluster infettivo, tra cui informazioni su resistoma, viruloma e plasmidi.
Il referto fornisce informazioni della massima precisione sia a livello di campione che a livello di gruppo, in modo da rispondere alle esigenze del cliente in presenza di un focolaio:
- Conferma l’identificazione del ceppo
- Determina la correlazione genetica tra i propri ceppi e i ceppi nella base di conoscenza
- Fornisce informazioni su resistoma, viruloma e plasmidi
- Identifica e differenzia i ceppi responsabili di focolai infettivi dai ceppi endemici
Ampio elenco di specie batteriche
Da molto tempo bioMérieux coopera con gli operatori sanitari nella lotta contro la resistenza agli antimicrobici (AMR) e le infezioni associate all’assistenza sanitaria (HAI), in particolare offrendo terreni di coltura innovativi, reagenti ID/AST e strumenti per test microbiologici rapidi e affidabili, nonché soluzioni di controllo ambientale e supporto formativo.
Grazie a EPISEQ® CS, siamo ora in grado di offrire un’applicazione che vi aiuterà nella gestione delle HAI presso le vostre strutture. Lo strumento online mette a disposizione la tecnologia NGS, assieme a uno dei database di ceppi batterici più estesi al mondo. Sarà così possibile ottenere informazioni critiche per monitorare, prevenire, contenere e fermare la diffusione di malattie infettive e HAI.
bioMérieux ha identificato 14 specie batteriche che coprono la maggior parte degli organismi correlati alle HAI:
- Acinetobacter baumannii
- Clostridioides difficile
- Enterococcus faecalis
- Complesso Enterobacter cloacae
- Klebsiella oxytoca
- Staphylococcus aureus
- Complesso Burkholderia cepacia
- Escherichia coli/Shigella
- Klebsiella pneumoniae
- Enterococcus faecium
- Citrobacter freundii
- Pseudomonas aeruginosa
- Klebsiella aerogenes
- Serratia marcescens
EPISEQ® 16S
NON PER USO DIAGNOSTICO
Per studi di profilazione del microbioma
EPISEQ® 16S risulta utile per indagare il ruolo del MICROBIOMA sulla salute del paziente. Copre la completa diversità di batteri e archei con relativa abbondanza e ricchezza. Questa soluzione aiuta gli utenti a individuare biomarcatori predittivi all’interno del microbiota.
Facilità di utilizzo
- Una soluzione semplice e intuitiva per identificare i pattern nel microbiota e le loro associazioni con gli esiti clinici o l’impatto del trattamento antibiotico su un dato microbiota
- Importazione diretta di dati grezzi (FASTQ) di ampliconi del gene 16S di Illumina
- Set esteso di strumenti di visualizzazione per esplorare i dati
- Statistiche integrate che consentono di confidare nei risultati
- Analisi di interazione temporale
- Referto personalizzato che mostra ciò che è importante sapere
Competenza in microbiologia / Resistenza agli antimicrobici
- Copre la piena diversità di batteri e archei (SILVA 138, 2019-12-16)
- Visualizzazione dell’abbondanza relativa
- Visualizzazione della diversità alfa e beta
- Clustering dei dati
EPISEQ® 16S
Flusso di lavoro rapido e intuitivo
01 - Caricamento
Dall’account personale, è possibile caricare direttamente i file FASTQ di Illumina.
(Copertura minima consigliata: 100.000 letture per campione; lunghezza minima di sequenziamento: 300 PE)
02 - Analisi
Utilizzando un semplice modello di sottoscrizione, l’applicazione esegue automaticamente tutte le fasi necessarie, dalla riduzione del rumore e dalla valutazione di qualità dei dati di sequenziamento grezzi di Illumina, alla caratterizzazione della composizione del microbioma di ciascun campione, all’ulteriore visualizzazione interattiva per l’utente, alle analisi statistiche.
EPISEQ® 16S consente di eseguire analisi di serie temporali del microbioma in modo da ottenere informazioni essenziali sulle potenziali variazioni di tendenza nella struttura e nella funzione delle comunità microbiche nel corso del tempo.
03 - Refertazione
Al termine dell’analisi, viene reso disponibile un referto. Il referto può essere personalizzato in modo da includere solo i grafici e i risultati che si desidera visualizzare.
EPISEQ® SARS-COV-2
NON PER USO DIAGNOSTICO
Per l’identificazione delle varianti di SARS-CoV-2
EPISEQ® SARS-COV-2 consente di identificare le varianti genomiche di SARS-CoV-2 senza necessità di competenze in bioinformatica. Gli utenti possono eseguire l’analisi di routine delle varianti e scaricare i file necessari da sottoporre all’autorità sanitaria pubblica a scopo di conformità (file FASTA, file Variant Call e file BAM).
Facilità di utilizzo
- Una soluzione con un solo clic per identificare le varianti di SARS-CoV-2 a partire da dati di sequenziamento grezzi
- Importazione diretta dei file FASTQ:
- Illumina (lettura paired-end o single-end)
- Thermo Fisher Ion Torrent™
- Oxford Nanopore Technologies
- Referto completo scaricabile per ogni campione
Competenza in microbiologia / Resistenza agli antimicrobici
- Visualizzazione delle informazioni del controllo di qualità
- Identificazione delle varianti in base alle nomenclature Nextstrain¹ e Pango²
- Aggiornamenti settimanali delle nomenclature Pango e Nextstrain
- Elenco delle mutazioni rilevate in tutti i geni del genoma di SARS-CoV-2, incluso il gene spike
- Identificazione della variante preoccupante secondo l’OMS³ e il CDC⁴
- Possibilità di scaricare in formato BAM l’allineamento delle letture rispetto al riferimento
- Possibilità di scaricare in formato FASTA l’assemblaggio del genoma
Flusso di lavoro rapido e intuitivo
01 - Caricamento
Dall’account personale, è possibile caricare direttamente i file FASTQ di:
- Illumina (lettura paired-end o single-end)
- Thermo Fisher Ion Torrent™
- Oxford Nanopore Technologies
Si consiglia l’uso di approcci basati su ampliconi target o su acquisizioni target.
Set di primer compatibili:
- ARTIC v3
- ARTIC v4
- ARTIC v4.1
- VarSkip Short (VSS)
- Midnight (v1200)
- QIASeq DIRECT
02 - Analisi
Utilizzando un semplice modello di sottoscrizione, è possibile accedere al servizio cloud che esegue tutte le fasi necessarie: convalida dei dati di ingresso, valutazione di qualità dei dati di sequenziamento grezzi, mappatura di allineamento dei dati rispetto al genoma di riferimento, assemblaggio del genoma, identificazione delle varianti e screening delle mutazioni.
03 - Refertazione
Al termine dell’analisi, viene reso disponibile un referto di analisi del campione in formato PDF.
Il referto può essere consultato nell’applicazione EPISEQ® SARS-COV-2 o scaricato, se lo si desidera.
